願正寺は慶長5年(1600)の創建であるが、現在の本堂は元禄15年(1702)の建立で、3代佐賀藩主・鍋島綱茂が大檀越となり、親類同格の多久家・多久茂文が廰主となって、当寺第6世慶海を願主として竣工した。
佐賀藩内の真宗の中心寺院として建てられた、13問四面の、九州でも有数の大きい木造建築である。歴史的に見てもほかに類をみない年輪と機能の集積を重ねた貴重な建物である。
天井裏の骨格はいろいろな種類の木材が組み合わされており、お殿様の御声がかりで藩内各地から木材が集められたようである。
また、本堂内陣と外陣の巨大な丸柱と天井の格子板はすべてケヤキ作りであり、今日では外材以外では復元不可能といわれる貴重なものである。
なお、この本堂では本来の参詣者用だけでなく、たとえば明治16年8月、初の佐賀県議会が開かれ、19年1月の臨時県議会まで通算7回の議会開催に使用されたと思われる。
当時はまだ、大勢の集会ができる大きな建物がなく、産業関係など、さまざまな会合や催しに願正寺などの城下の本堂が使用された。

出典：本堂棟木銘、「佐賀県議会史」ほか